Yüksek Askeri Şura'dan çıkan kararlar AKP Hükümetinin siyasi kaygılarının bir kez daha Türk Ordusu'nun teammüllerini aştığını, askeri gerekleri, kıdemleri bir yana iterek, "siyasal yönü güçlü-iyi geçinen komutanlar" üzerinden tercihlere yönlendirdiği ortaya çıktı. Özellikle Kara Kuvvetleri Komutanlığına getirilen Genelkurmay Başkanı 2. başkanının önce ordu komutanlığı yapması gerekir iken, ordu komutanlığı yapmadan kuvvet komutanlığına atanması, atamaların yoğun siyasi karakterini ortaya koyarken, askeri gereklerin nasıl gözardı edildiğini de ortaya koydu. 2013 Askeri Şura kararları, 2007'den buyana devam eden Türk Ordusu'nun milli ordu niteliğini temsil eden değerlerin aşındırılarak, siyasal iktidar ile uyum adı siyasal parti eksenine girmesi sürecininde çok önemli bir aşama oldu. Yeni komuta kademesinin önümüzdeki dönemde TSK'dan yeni ve kitlesel istifalara yol açması çok büyük bir ihtimaldir.