Günümüzde, İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi`nin kullandığı bu bina Osmanlı döneminde önce Seraskerlik, sonra da Harbiye Nezareti`nin içinde cezaevi olarak kullanılmıştır. Binanın resmî adı İstanbul Muhafız Dairesi'dir.
Bekir Ağa, sert kişiliği ve acımasızlığı ile tanınan dönemin İstanbul Muhafız Kumandanı'nın adıdır. Bekir Ağa, "alaylı" olarak tabir edilen çekirdekten yetişme bir askerdir. Serasker Hüseyin Avni Paşa'nın himayesinde İstanbul'a gelen Bekir Ağa, 1872 yılında Seraskerlik Dairesi'nin hapishanesine müdür olarak atanmıştır. Bekir Ağa`nın mahkumlara karşı sert tutumu nedeni ile bina, halk arasında, Bekir Ağa'nın ismi ile anılmaya başlamış, amacına uygun olarak tutukevi olarak kullanılmış, azılı suçluların, asker kaçaklarının ve siyasî tutukluların konulduğu bir yer olmuştur.
Bekirağa Bölüğü, II. Abdülhamit döneminin baskıcı yönetimine başkaldıran Jön Türklerin de tutuklandığı ve buradan sürgüne gönderildiği bir yer olmuştur.
II. Meşrutiyet döneminin başlangıç tarihi olan Anayasa'nın yeninden yürürlüğe konulduğu 23 Temmuz 1908'den sonra bütün tutuklular serbest bırakılmıştır. Ancak kısa süre sonra, bu kez Meşrutiyet yönetimini elinde tutan İttihat ve Terakki Cemiyeti'nin muhaliflerinin hapsedildiği bir yer haline gelmiştir.
Bekirağa Bölüğü`nü bu kadar ünlendiren dönemi I. Dünya Harbi`nin sonunda 30 Ekim 1918'de imzalanan Mondros Mütarekesi ile başlar. Bu dönemde, mütareke hükümlerini uygulama bahanesi ile İstanbul`da bulunan Müttefik Kuvvetlerin askerleri ve istihbaratçıları, mütarekenin uygulanmasına karşı olduğunu düşündükleri muhalifleri tespit ederek tutukluyorlar ve bu hapishaneye kapatıyorlardı.
Özellikle Padişah ve Sadrazam Damat Ferit Paşa, kendi güvenliklerini ve iktidarlarını garantiye almak pahasına İngilizlerle yaptığı işbirliği sonucu, mütareke, işgal karşıtı her düşünceyi susturmak maksadıyla rütbe ve makamı ne olursa olsun milletvekillerini, subayları, paşaları ve muhalif yazarları tutuklatarak bu hapishaneye atılmalarını, müteakiben memleketten uzaklaştırmak için İngiliz kontrolünde ki Malta adasına gönderiyorlardı.
Aslında, muhaliflerin tespitinde ve yakalanmasında en önemli etken "Black Janbo" denilen gizli İngiliz teşkilatının altınlarının rolü önemsenmeyecek kadar çoktu. Mütarekeden sonra işbirlikçiler, Rum, Ermeni ve Yahudilerin bir kısmı İngilizlerin gözü ve kulağı olmaya adaydılar. Duydukları her fısıltıyı, lakırdıyı adrese teslim olarak İngiliz İstihbaratı`na taşıyorlardı.
Bir kısım İşbirlikçiler ise bu haberleri İngiliz ve Payitaht yanlısı gazeteler satıyordu. Alemdar, Peyám-ı Sabah, Vakit ve İkdam gibi İngiliz destekli gazeteler onların başyazarları Ali Kemal, Refi Cevat Ulunay, Sait Molla gibi İngiliz hayranı yazarları, aldıkları bu bilgileri işgalcilere duyurmak ve onların takdirini kazanmak için manşetten yayınlıyorlardı. Gazetelerde ismi bulunanlar, birkaç gün içinde derdest edilerek tutuklanıp Bakirağa hapishanesine kapatılıyordu.
Yine son Osmanlı Mebusan Meclisi'nin işgal kuvvetlerince kapatılması sonrasında tutuklanan milletvekillerinin de bir kısmı burada hapsedilmiş sonra da Malta'ya sürgüne gönderilmişlerdir.
Atatürk, Büyük Nutku'nda, daha Kurtuluş Savaşı başlamadan, 1919 yılında Samsun'a hareket etmeden birkaç gün önce bu binaya gelerek Fethi (Okyar) Bey gibi bazı arkadaşlarını ziyaret ettiğini ve onlara bazı düşüncelerini açıkladığını yazar.
Bu hapishane son döneminde, tarihimizin kendi milli benliğinden uzaklaşmış, başkalarına uşaklık etme adına ülkesini ve milletinin evlatlarını katleden soysuz bir döneme tanıklık etmiştir.
Ne yazık ki, her dönmede olduğu gibi milli benliğinden uzaklaşmış, başka milletlere hayran ve onlara uşaklık etme zihniyetinde olan Sabah, Vakit ve İkdam gibi medya kuruluşları, Ali Kemal, Refi Cevat Ulunay, Sait Molla gibi kirli kalemler var olmuştur ve olacaktır. Bu işbirlikçiler var oldukça, ismi Bekirağa Bölüğü olsa da fark etmez, vatanseverlerin üstüne demir kapılar kapanacak hapishaneler de olacaktır.
