1941 yılından itibaren Nahçıvan Özerk Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti Halk Dili İşleri Komiserliği'nde ve Halk Komiserleri Meclisi'nde Şube Müdürü olarak görev yaptı. 1944 yılında Nahçıvan Komünist Partisi tarafından KGB'de görevlendirildi. 1967 yılında Azerbaycan Komünist Partisi Merkez Komitesi Birinci Sekreterliği'ne getirildi.
İki kez Sosyalist Emek Nişanı ile ödüllendirilen Aliyev 1987 Ekiminde Sovyet İttifakı Komünist Partisi Merkezi Komitesi Siyasi Bürosunun ve Başkatip Mihail Gorbaçov'un talimatı ile görevlerinden alınmıştır.
Aliyev 20 Ocak 1990'da Sovyetlerin Bakü'de yaptığı kanlı facia ile ilgili olarak ertesi gün Azebaycan'ın Moskova'daki konsolosluğunda beyanatla karşı çıkarak, Azerbaycan halkına karşı işlenmiş cinayetin teşkilatçıları ve icraatcılarının cezalandırılmasını talep etmiştir. Aliyev SSCB'nin dağıldığını görerek, 1991 Temmuzunda Sovyet İttifakı Komünist Partisi'ni terk etti.
1992'de kurduğu Yeni Azerbaycan Partisi'nin Başkanı oldu.
1993'te Azerbaycan'da iç karışıklık çıktığı sırada Azebaycan Devlet Başkanı Ebulfeyz Elçibey tarafından Bakü'ye davet edilerek 1993'te Milli Meclis Başkanı seçildi. Ardından Devlet Başkanlığı görevini vekaleten devraldı. 1993'te ve ikinci kez yapılan seçimlerde Devlet Başkanı seçildi.
1996 Kasımında TÜRKSOY'un Bakü'de düzenlenen toplantısında yaptığı konuşmada "Bizim dilimiz, kültürümüz aynıdır, bunun yanısıra biz komşuyuz. Fakat biz birbirimizden ne kadar uzak kalmışız, ne kadar ayrı düşmüşüz, birbirimizin hasretini çekmişiz. Bugün artık biraradayız" diyerek özlemin bittiğine dikkat çekmiştir.
Aliyev Azerbaycan ile Türkiye arasındaki diplomatik ilişkilerin kuruluşunun 10. yıldönümü ile ilgili olarak 14 Ocak 2002 tarihinde yaptığı konuşmada da "iki ülke arasındaki ilişkileri bayram olarak nitelendirmiştir. Azerbaycan'ın bağımsızlığını tanıyan ilk ülkenin Türkiye olduğunu ve dünyadaki diğer devletler tarafından tanınmasında büyük katkıda bulunduğunu ifade etmiştir. İki ülke arasındaki dostluğun çok sağlam temeller, derin tarihsel kökler üzerine kurulduğunu bu nedenle Türkiye'nin geçen on sene içinde Azebaycan'ın karşılaştığı sorunlarda kendilerine çok destek olduğunu belirtmiştir".
Aliyev Cumhurbaşkanlığı sırasında Ermenistan'la aralarındaki Dağlık Karabağ savaşını sona erdiren ateşkes anlaşması ve Hazar Denizi petrollerinin Akdeniz'e akıtılmasını sağlayacak Bakü-Tiflis-Ceyhan boru hattı anlaşmasını imzaladı.
Aliyev Kafkasya'da istikrarın sağlanması için attığı adımlar ve dünya barışına verdiği hizmetler nedeniyle 1999 yılında Atatürk barış ödülüne layık görüldü.
Aliyev kalp ve böbrek yetmezliği nedeniyle 12 Aralık 2003 tarihinde vefat etti. Ölümünün 4. yılında Aliyev'e bir kere daha Allah'tan rahmet diliyoruz.
