AKP hükümeti, emekli orgeneral Edip Başer'i terörle mücadele koordinasyon görevinden aldı ve yerine büyükelçi Rafet Akgünay'ı atadı. Türk halkının hiç benimsemediği, devlet kuruluşlarının kerhen kabul ettikleri bir Amerikan teklifinin sonucu olan bu makam ağır tepkileri üzerinde topladı. Bu makamın görünürdeki görevi PKK'nın Irak'taki varlığına yönelik Amerikan-Türk politikalarını koordine etmekti. Ancak gerçekte bu mekanizma Türkiye'nin Kuzey Irak'taki PKK kamplarına yönelik askeri müdahalesini ertelemek, durdurmak amacını ifa etti.
Aradan geçen süre içinde Amerikalılar Türk tarafından gelen tepkileri azaltmak için koordinasyon mekanizmasının oluşturulması ile hiç ilgisi olmayan PKK'nın Avrupa'daki para kaynakları gibi konularda bazı yardımlar üreterek vakit geçirdiler. Edip Başer Paşa ise Türkiye'de yükselen tepkileri üzerinde topladı. Sanki bu mekanizmanın sorumlusu, PKK'nın eylemlerini durduramayan adam imiş gibi ağır bir şekilde suçlandı. Oysa, AKP hükümetinin koordinatörlük ile ilgili ABD teklifini kabul etmesinden sonra birisinin bu görevi Türkiye adına üstlenmesi gerekiyordu. Edip Başer, Orgeneral Yaşar Büyükanıt'ın isteğini kırmadı ve özünde inanmadığı bir görevi kabul etti. Belki de hayatı boyunca hiç yıpranmadığı kadar son bir yıl içinde yıprandı.
Edip Başer'in kendisini ve çok inanmadığı koordinatörlük kurumunu korumak için kamuoyu önüne çıkarak sık sık açıklamalar yapması, PKK'nın K. Irak'taki varlığı dışındaki konularda da açıklamalar yapması Edip Başer Paşa'nın belki de daha fazla yıpranmasına neden oldu. Ne toplumu ikna edebildi ne de yıpranma sürecini durdurabildi aksine daha fazla yıprandı.
Kafasında taşıdığı istifa eğilimini değişik vesilelerle kamuoyu önünde dile defalarca getirdi. Artık kararını vermişti. AKP adına nezaketten yoksun görev değişimi E. Başer'in koordinasyon mekanizmasının artık çalışmadığını ve kendisinin bu görevden Haziran 2007'de istifa ederek ayrılmayı düşündüğünü açıklamasından bir gün sonra gerçekleşti. AKP Hükümeti, Başer'in yaptığı açıklamaların koordinatörlük kurumuna darbe vuracağı gerekçesi ile görevden alındığını açıkladı. Peki Erdoğan, Lübnan ziyareti sırasında koordinatörlük makamının işe yaramadığı açıklamamış mıydı?
Edip Başer Paşa'nın görevden alınmasının arkasında başka hesaplaşmaların olduğu anlaşılıyor. Her şeyden önce AKP hükümeti, Edip Başer'in Haziran 2007'de koordinasyon mekanizmasının işe yaramadığını söyleyerek bu görevden istifa etmesinin seçimler öncesinde kendisine ağır darbe vuracağını düşünerek onu görevden aldı. Bir anlamda AKP, Başer'e siyaseten ön almış oldu.
Ayrıca, MGK Genel Sekreterliği konusunda AKP hükümeti ile Genelkurmay Başkanlığı arasında yeni genel sekreter konusunda ihtilaf olduğu, Genelkurmay ve Cumhurbaşkanı'nın AKP'in istediği yeni isme sıcak bakmadığı için MGK'nın halen vekaleten yürütüldüğü ifade edilmektedir. İşte bu noktada Genelkurmay Başkanı Orgeneral Yaşar Büyükanıt'ın önerdiği Edip Başer'i görevden alarak ve muhtemelen Genelkurmay Başkanlığının görüşünü almadan büyükelçi Rafet Akgünay'ı koordinatörlüğe atayarak, AKP hükümeti "rövanş" alıyor.
Sonuç olarak, koordinatörlük mekanizması ABD'nin Türkiye'ye kurduğu bir tuzaktı. Bu tuzağı etkisizleştirmenin yolu, bu mekanizmayı şartlı ve süreli olarak kabul etmekti. Yani Ankara, Washington'a "terör koordinasyon mekanizması üç ay süreli bir mekanizma olmalı ve üç ay içinde şu adımlar atılmalı" diyerek mekanizmayı kabul etmeli idi. Böylece ABD'nin elinden "Türkiye bütün diplomatik mekanizmaları kullanmadı" gerekçesi alınmış ve PKK'ya karşı önlemler hızlandırılmış olacaktı. En azından Türkiye daha hızlı ve etkili önlemler alma konusunda bağımsız olacaktı.